Rozwój firmy Stokota był dodatkowo wspierany przez przejęcia i tworzenie nowych oddziałów. W 1996 roku otwarto pierwszy polski oddział w Kielcach. W 1998 roku przejęto firmę EKW, a Stokota poszerzyła swoją ofertę o produkcję przyczep specjalistycznych. W 2000 roku przejęcie firmy CIME w Raismes, w północnej Francji, jeszcze bardziej rozszerzyło zasięg geograficzny firmy Stokota. W 2001 roku polski oddział został rozbudowany o drugi zakład produkcyjny w Elblągu.
Chęć usprawnienia produkcji i dostosowania oferty produktowej do historii firmy oznaczała zamknięcie działu Budownictwa i Logistyki, w ramach którego produkowano przyczepy specjalistyczne, takie jak przyczepy niskopodwoziowe.
Wieloletnie doświadczenie w produkcji cystern drogowych oraz zdobycie dużego kontraktu na cysterny lotniskowe dla wojska szybko doprowadziły do kolejnego logistycznego kroku, jakim było utworzenie nowego działu obronnego. W 2016 roku powstał najnowszy oddział firmy Stokota. Dział Stokota Aviation Fueling Vehicles, który koncentruje się na pojazdach do tankowania samolotów, dystrybutorach hydrantowych oraz pojazdach wielofunkcyjnych wyposażonych w sprzęt obsługi naziemnej, taki jak wózki rozładunkowe i schodki do tankowania.